《墨子》一書在中國長期備受冷落，乾隆年間汪中為墨子說了幾句公道話，即被斥為「名教之罪人」。《墨子》書中保留有大量科學知識，如：力學、幾何、光學，到了清朝中葉，迫于時局艱難，才開始有大量的學者考據。孫詒讓寫《墨子閒詁》把《墨子》校注推向高峰，在這之前，《墨子》長期以來「傳誦既少，注釋亦稀，樂台舊本，久絕流傳，闕文錯簡，無可校正，古言古字更不可曉」。他吸收王念孫、王引之、洪頤煊、戴望、俞樾、黃紹箕、楊葆彞等人的研究成果，集眾家之大成。

孫詒讓甚至還參考西學。例如《經上第四十》：「仳，有以相攖，有不相攖也」便引用《幾何原本》的「所云兩線于同面行至無窮，不相離亦不相遠而不得相遇為平行線」原理。又如《經上第四十》：「無久之不止，有久之不止。」一句，孫引牛頓之言，「二語似即力學永靜永動之理，而與奈端（牛頓）靜者不自動、動者不自止之例亦複冥契。」作者認為墨子不僅論述了「辯」、「名」 的涵義以及方法和作用，同時還提出了「明故」「知類」說。黃紹箕稱《墨子閒詁》：「先生此書，援聲類以訂誤讀，採文例以移錯簡，推篆籀隸楷之遷變，以刊正訛文，發故書雅記之晻昧，以疏証軼事。」俞樾嘆此「自〈墨子〉以來，未有」之書。

此書校正形訛之字多達六百四十餘處，《墨子閒詁·敘》中說：「間者，發其疑忤；詁者，正其訓釋」。梁啓超在《中國近三百年學術史》中，高度評價孫詒讓的成果。他說：孫詒讓「覃思十年」，「集諸家說，斷以己所興，得成《墨子閒詁》十四卷，複輯《墨子篇目考》、《墨子佚文》、《墨子舊敘》，合為附錄一卷；複撰《墨子傳略》、《墨子年表》、《墨子傳授考》、《墨子緒聞》、《墨學通論》、《墨家諸子鉤沉》，各一篇，合為《墨子後語》二卷。俞蔭甫序之，謂其『自有《墨子》以來，未有此書。誠哉然也！……蓋自此書出，然後《墨子》人人可讀。現代墨學複活，全由此書導之。』」缺點是當時孫詒讓所見版本較少，重點還以是畢沅校版為主，輔於「吳匏奄殘抄本」、「道藏本」、「堂策檻本」等（後二書還不是原書，僅取顧廣圻等人的校記），承襲了畢校版的錯誤，甚至是刻錯之字。吳毓江撰《墨子校注》更正了《墨子閒詁》的一些錯誤。