康熙十五年（1676年）黃宗羲完成《明儒學案》後續修此書，僅成17卷並序而卒，其子黃百家續作，又成8卷，後由弟子全祖望、楊開沅、顧諟等人於乾隆十二年至二十年（1747年—1755年）補述，全祖望於逝世前一年完成，未刊刻而卒，後來底稿歸鄞縣盧氏抱經堂的門人盧鎬（月船）保管，殘本歸宿蔣學鏞。宗羲六世孫黃徵、七世孫黃直垕又補充為86卷，道光年間流入浙江學政陳少宗之手。

道光十八年（1838年）王梓材、馮雲濠受督學何凌漢委託，整認訛鐘，始成《宋元學案補遺》100卷，共補遺約有七、八百條。王梓材《宋元學案補遺》序云：「余與五橋廣輯《宋元學案》之遺，凡得四十有二卷……五橋篤信好學，家有醉經閣，經史子集四部各歸其伍，宋元儒文集不下百數十家，藉是以詳校《學案》，無待旁借，即《補遺》之輯，亦是閣有以成也。」稿成之後存於屠用錫家中。《宋元學案》共分87個學案和2個學略（《荊公新學略》、《蘇氏蜀學略》），以及2個黨案（《元祐黨案》﹑《慶元黨案》），全書以安定、泰山兩學案開篇，至卷九五以蕭同諸學案為殿，共記宋元學者共2428人，是《明儒學案》所收學者數量的十倍以上。然而《宋元學案》中絕大部分人物只記載有姓名或很短的小傳，沒有收錄其文章和言論，真正留有言論或文章的宋元學者僅有209人，只比《明儒學案》多出一人。其中以司馬光為首的《涑水學案》、邵雍的《百源學案》、周敦頤的《濂溪學案》、程顥的《明道學案》、程頤的《伊川學案》、張載的《橫渠學案》、朱熹的《晦翁學案》、葉適的《水心學案》等都用2卷的篇幅詳述。全祖望在補修《宋元學案》時，將原本中的許多學案進行分割，從而新增加了許多學案。例如，卷二十三「滎陽學案」是全祖望為呂希哲設置的新學案，原本呂希哲作為胡瑗的門人原本附于「安定學案」中。又如呂大臨及范育等關學弟子從原本設置的「藍田學案」被全祖望變更為「呂范諸儒學案」。全祖望自稱：「予續南雷《宋儒學案》，旁搜不遺餘力。蓋有六百年來儒林所不及知，而予表而出之者。」道光十八年（1838年）刊於浙江，卻毀於鴉片戰爭。

光緒五年（1879年）張汝霖再次主導，翻刻於長沙，成通行的100卷《宋元學案》，從草創到成書、刊印、通行，前後歷經200餘年。胡適撰寫「《宋元學案補遺》四十二卷本跋」。此書為初步了解宋、元二代理學家、哲學家的生平，思想大要，全書首冠《考略》，歷敘成書始末，次《序錄》，次學案正文。並節錄了宋、元二代諸儒思想的文章。

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